嫦娥六号的任务科学目标包括月球背面着陆区的现场调查和分析。开展月球背面南极-艾特肯盆地（SPA）着陆点区域形貌探测和地质背景勘察，获取与月球样品相关的现场分析数据，建立现场探测数据与实验室分析数据之间的联系。

　　同时，还包括月球背面样品的分析与研究。对月球背面样品进行系统、长期的实验室研究，分析月壤的结构、物理特性、物质组成等，深化月球成因和演化历史的研究。